Міжгалактичний мисливець за головами Самус Аран отримує сигнал лиха від розбитого фрегата на орбіті планети Таллон IV. Після дослідження виявилося, що фрегат є дослідницьким судном космічних піратів, на якому проводять жахливі генетичні експерименти з використанням таємничої речовини Фазон. Там Самус зустрічає свого ворога, Мету Рідлі, яку вона переслідує на поверхню Таллона IV. Лише їй належить досліджувати взаємопов’язані регіони планети, досліджувати її темні таємниці та покласти край міжгалактичній загрозі, яку становить Фазон.